日本における義務教育の対象者は、日本国籍があり日本に住んでいる学齢期の人であるため、市町村教育委員会は10月1日時点の住民基本台帳に基づいて、翌年に学齢に達する児童を選択して10月30日まで学齢簿を編成する。これに基づき、保護者に対して就学時健康診断通知書が発送され、11月30日までに就学時健康診断が行なわれる。
その結果によって、1月31日までに「入学すべき学校（指定校）」が決まり、保護者に対して就学通知書と入学届が、学校に対して就学児童通知書が発送される。健康診断の結果、特に問題がなければ公立小学校が指定校になる。このとき、多くの自治体では学区に基づき単一の小学校を指定しているため、何も手続きをとらなければ指定校に就学することになる。ただし公立学校選択制がある地域では、入学する小学校を前年中にある程度選べる。
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健康診断の結果、小学校で学ぶことが困難であると認められた場合は、特別支援学校の小学部への進学が指導され、協議の上でそこが指定校になる場合がある。また、特別支援教育を受けるよりも入学を1年後に伸ばした方がいいと判断された場合は、就学猶予になる場合もある。障害が重度のために就学が困難な場合は、就学免除となる。小学校の特別支援学級に関しては#障害者の就学で後述する。